Процедурата по алтернативно решаване на спорове (АРС), която се прилага в център НАИС, наречена НАИС процедура, се базира на принципите на медиацията, провежда се по правилата на Центъра, както и съгласно Закона за медиацията и подзаконовите нормативни актове.

За по-голямо удобство, бързина и икономичност за потребителите и търговците, НАИС създаде собствена специална онлайн платформа, първата по рода си в Европа, в която да се осъществява процедурата НАИС.  

Онлайн комуникацията между страните- участнички в НАИС процедура е в електронен писмен вид, под формата на съобщения, които се обменят в платформата. Страните получават информация за всяко новопостъпило събитие в нея (ново съобщение, дадено съгласие и др.) на електронната си поща, подадена при първоначалната им регистрация. Това дава възможност на страните да участват в преговорите помежду им от всяка точка на страната. Не се налага и участието в комуникацията по едно и също време, защото обменът на съобщенията може да се извършва, както синхронно, под формата на чат в реално време, така и асинхронно, т.е. всяка страна записва съобщения в удобно за нея време. 

Център за АРС НАИС функционира като структура на НАИС , управлявана от Управителния съвет на НАИС. Включен е в списъка на признатите от Министерството на икономиката органи за АРС между потребители и търговци на територията на Република България, както и в списъка с регионални органи за решаване на спорове на всички страни-членки на ЕС. Център НАИС разглежда безплатно за потребителите спорове  в  платформата за онлайн решаване на потребителски спорове на ЕС, наричана накратко ODR.